XVIII əsrin axırında Cənubi Azərbaycanda təsir dairəsi uğrunda İran, Osmanlı Türkiyəsi və Çar Rusiyası arasında mübarizə güclənmişdi.
1801-ci ildə Kartli-Kaxetiya Rusiyaya birləşdiriləndə Azərbaycanın Qazax, Borçalı, Şəmşədil və Pəmbək torpaqları da Rusiya tərkibinə qatıldı.
1803-cü ildən Rusiya açıq-aydın Azərbaycanın işğalına başladı. General Sisianovun qoşunları Balakəni tutdu və dağıtdı.
1803-cü il aprelin 12-də imzalanmış “Andlı öhdəliyə” görə Car-Balakən camaatlığı Rusiyaya qatılırdı. Lakin 1804-cü ildə əhali üsyan qaldırdı, bir rus general, yüzlərlə əskər öldürüldü. General Sisianov yenidən bölgəyə qoşun yeritdi və usyanı yatırdı.
Rus qoşunu Şəmkiri işğal edəndə Gəncə xanı Cavad xanla üzləşdi.
1804-cü il yanvarında Gəncə şəhəri işğal edildi, Cavad xan həlak oldu. Gəncə xanlığı ləğv edildi, şəhərin adı dəyişdirildi (Yelizavetpol).
1804-cü ildə Birinci Rusiya – İran (Qacar) müharibəsi başlandı. Qacarlar tərəfindən orduya Abbas Mirzə başçılıq edirdi.
1804-cü ildə general Sisianovun İrəvanı zəbt etmək planları baş tutmadı, rus qoşunları geri çəkilməyə məcbur oldu.
1805-ci il mayın 14 və 21-də Kürəkçay müqaviləsi imzalandı – Rusiya ilə Qarabağ xanlığı və Rusiya ilə Şəki xanlığı arasında. Müqaviləyə əsasən hər iki xanlıq Rusiyanın vassal asılılığına keçirdi.
1805-ci il dekabrın 27-də eyni müqavilə Şamaxı xanlığı ilə Rusiya arasında imzalandı. Rusların dənizdən hücum etməklə Bakını tutmaq planı baş tutmadı. Nəticədə 1806-cı il fevralın 8-də Bakı xanı ilə Sisianov arasında görüş zamanı Sisianov öldürüldü.
1806-cı ilin yayında ruslar tərəfindən Qarabağ xanı İbrahimxəlil xan öldürüldü. Cavab olaraq bütün Azərbaycanda üsyanlar baş verdi.
1812-ci il oktyabrın 18-də Aslandüzü döyüşündə Abbas Mirzə məğlub edildi. 1813-cü il yanvarın 1-də Lənkəran xanlığı işğal edildi.
1813-cü il oktyabrın 12-də Qarabağın Gülüstan kəndində imzalanmış Gülüstan müqaviləsinə əsasən Birinci Rusiya- İran müharibəsinə son qoyulur, İrəvan və Naxçıvan istisna olmaqla digər Şimali Azərbaycan torpaqları Rusiyaya verilir, Xəzər dənizində yalnız Rusiya hərbi donanma saxlaya bilərdi.
Rusiyanın Şimali Azərbaycanda müstəmləkə rejiminin qurulması buradakı qoşunların komandanı general A.Yermolova tapşırıldı. O, ətrafına erməni əsilli zabit və məmurları toplayaraq xanlıqları ləğv edir, qəddar rejim qururdu.
1826-cı ildə Azərbaycanda müstəmləkə rejiminə qarşı güclü üsyan baş verdi. 1826-cı ildə İkinci Rusiya-İran müharibəsi başladı, şahzadə Abbas Mirzənin qoşunları yenidən Azərbaycana yeridildi. Şimali Azərbaycanda yenidən xanlıq rejimi bərpa olunurdu. Bu üsyanlar “ümummüsəlman üsyanları” adı ilə tarixə daxil olmuşlar. İmperator A.Yermolovu vəzifədən uzaqlaşdırdı, əvəzinə general İşPaskeviçi təyin etdi.
1826-cı il sentyabrın 13-də Gəncə (Yelizavetpol) döyüşündə ruslar Abbas Mirzəni məğlub etdilər. 1827-ci ilin iyununda Naxçıvan işğal edildi. 1827-ci il oktyabrın 1-də İrəvan işğal edildi.
1828-ci ilin əvvəlində rus qoşunları Cənubi Azərbaycana hücum etdilər, Mərənd, Təbriz, Urmiya, Ərdəbil işğal edildi.
1828-ci il fevralın 10-da Təbriz yaxınlığındakı Türkmənçay kəndində müqavilə imzalandı. Ona əsasən İkinci Rusiya- İran müharibəsi sona yetmiş, İrəvan və Naxçıvan da daxil olmaqla bütün Şimali Azərbaycan Rusiyaya verilir, İran əlavə olaraq 20 milyon gümüş manat ödəməli idi. Müqavilənin 15-ci maddəsinə əsasən Azərbaycan torpaqlarına ermənilər köçürülməli idi. Müqaviləyə əsasən Azərbaycan iki yerə parçalanır, dövlətçiliyini itirirdi.