Van gölünün cənubunda məskən salmış Qaraqoyunlular XIV əsrin 70-ci illərindən Ərzincanda, Sivasda, ümumən Şərqi Anadolunun şimal-şərq torpaqlarında möhkəmlənib, Ağqoyunlulara, Cəlairilərə və Teymurilərə qarşı mübarizə aparmışlar. Qaraqoyunlu sülaləsinin banisi Bayram Xoca olmuşdur. Onun xələfi Qara Məhəmməd Cəlairilərlə ziddiyyəti aradan qaldırmaq üçün Cəlairi Sultan Əhmədlə qohum oldu. Bu da Azərbaycanın Təbriz də daxil olmaqla qərb hissəsinin Qaraqoyunluların əlinə keçməsinə səbəb oldu.
Qaraqoyunluların böyük bir imperiyaya çevrilməsi Qara Yusifin dövründə olmuşdur. Teymurilər və Cəlairilərlə gərgin mübarizədə Qara Yusif Azərbaycandan Şərqi Gürcüstan, Ərəb İraqı və Əcəm İraqını öz sərhədləri daxilində birləşdirən nəhəng bir dövlət yaratmağa nail olub. Qara Yusifin oğlu Qara İsgəndər 1421-ci ildə Qaraqoyunlu hakimiyyətini bərpa etdi və Sultan Şahrux Təbrizi tərk etdikdən sonra şəhərə daxil oldu.1421-ci ildə Alaşkert vadisindəki İsgəndərlə Şahruxun qoşunları arasında döyüş İsgəndərin məğlubiyyəti ilə nəticələnmişdir. Lakin Şahrux geri qayıdandan sonra onun tutduğu bütün torpaqlar Qara İsgəndər tərəfindən yenidən ələ keçirildi.. Qara İsgəndərdən sonra hakimiyyətə Cahan şah gəldi. Cahan şah Qaraqoyunluların güclü hökmdarlarından olmuşdur. Onun dövründə Qaraqoyunlu mədəniyyəti inkişaf etmişdir. Cahan şah "Həqiqi" təxəllüsü ilə Azərbaycan türkcəsinə və Fars dilində şeirlər yazırdı. Böyük fəthlər edərək Qaraqoyunlu imperiyasının ərazisini genişləndirmişdir. Cahanşahın 1467-ci ildə ölümündən sonra hakimiyyətə Ağqoyunlu hökmdarı Uzun Həsən gəldi, beləliklə Qaraqoyunlu imperiyası süqut etdi.
Beləliklə Azərbaycanda Qaraqoyunlu sülaləsinin hakimiyyəti sona çatdı və yerinə yeni Azərbaycan sülaləsi olan Ağqoyunlular gəldilər.